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具有灵活多样的扫描组合方式是Orbitrap Fusion的优势之一，包括可以使用CID、HCD、ETD、DDDT等不同的裂解模式，可以使用Orbitrap或离子阱扫描检测，可任意选择破裂和检测模式进行MS分析，可同时选择多个二级离子进行叁级定量分析（SPS技术）等。

通过考察蛋白质组学最常用的扫描方式：OT-HCD-IT、OT-CID-IT、OT-HCD-OT、OT-CID-OT。使用这四种扫描方式对酵母全蛋白进行60分钟有效梯度的数据采集，并对鉴定结果进行分析、比较。

比较了四种扫描方式在蛋白鉴定数量、肽段鉴定数量、PSM数量、谱图数、谱图鉴定率五方面的差异，并以OT-HCD-IT结果作为100%进行归一化。

结果表明，OT-HCD-IT由于速度锄耻颈快，因此获得的谱图数和鉴定数锄耻颈多；OT-CID-IT相比前者扫描速度略慢5%，因此获得的结果略少，谱图数和蛋白鉴定数约是前者的95%；OT-HCD-OT与Q-Exactive质谱的扫描方式相同，由于无法实现一级二级的同时运行，谱图数和蛋白鉴定数分别是OT-HCD-IT的70%和85%；OT-CID-OT速度锄耻颈慢，谱图数和蛋白鉴定数分别是OT-HCD-IT的60%和75%。此外，四种扫扫描方式鉴定率相差不大，表明数据质量没有明显差异。

与HCD相比，CID虽然速度略慢且有叁分之一效应，但灵敏度更高，更适合于低丰度蛋白和少量样本分析。二级Orbitrap检测常用于定量蛋白质组学研究，TMT/iTRAQ标记定量、PRM定量都要用到二级分辨率、高质量精度。四种扫描方式有着各自的特点，适用于不同的应用方向，所以根据实验目的不同选择合适的扫描方式非常重要。